Erzherzog Johann war der Sohn von Großherzog Leopold von Toskana, dem späteren Kaiser Leopold II. und Maria Ludovica von Bourbon-Spanien. Sein Bruder Erzherzog Karl ernannte ihn 1805 zum Generaldirektor des Fortifikations- und Pionierwesens. In dieser Funktion bereiste er Tirol, wo er die wichtige Rolle der Landwehr erkannte und die Volksbewaffnung organisierte. Nach dem Frieden von Pressburg (2. Dezember 1805) musste Johann das Land den Bayern überlassen. In der Folgezeit schmiedete er zusammen mit seinem Bruder Franz geheime Pläne zur Rückeroberung Tirols. Nach dem Ausbruch des Krieges im April 1809 wurde er Oberbefehlshaber der österreichischen Truppen in Oberitalien. Der Friede von Schönbrunn führte zum neuerlichen Verlust Tirols. Nachdem sein Bruder, Kaiser Franz, von den geheimen Plänen Johanns, einen "Alpenbund" zu gründen und einen erneuten Aufstand zu wagen, erfahren hatte, war Johann schwer kompromittiert, behielt aber die Leitung des Genie- und Festungswesens. Gleichzeitig wurde ihm untersagt, das Land Tirol zu betreten. Als er 1833 wieder nach Tirol reisen durfte, erwarb er das Schloss Schenna. 1848 wurde er kurzzeitig von der Frankfurter Nationalversammlung zum Reichsverweser ernannt. Er starb 1859 in Graz. 1869 wurde er im eigens errichteten Mausoleum nahe dem Schloss Schenna bei Meran beigesetzt.

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