Josef von Giovanelli d. J. war der älteste Sohn des gleichnamigen Merkantil-Kanzlers von Bozen. Wie sein Vater so unterstützte auch er 1809 die Tiroler Aufständischen. Giovanelli gehörte zum engeren Stab von Andreas Hofer. Während der kurzzeitigen provisorischen Regierung Hofers bekleidete er das Amt des Innenministers. Am 14. Oktober 1809 unterzeichneten Österreich und Frankreich in Schönbrunn den Friedensvertrag. Österreich musste Tirol erneut an Bayern abtreten. Napoleon stellte den aufständischen Tirolern und Vorarlbergern eine Generalamnestie in Aussicht. Josef von Giovanelli führte die Entwaffnung der Tiroler Aufständischen durch und überbrachte dem französischen General Vial in Trient die von seinem Vater verfertigte Unterwerfungsurkunde. Nach der Rückkehr Tirols zu Österreich führte er die Konservativen im Tiroler Landtag. Gleichzeitig entwickelte er sich zum Mäzen und Förderer junger Künstler. 1838 wurde er in den Freiherrenstand erhoben.
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