Nach dem Studium der Rechtswissenschaften an der Universität Innsbruck, ging Hormayr 1801 nach Wien, wo er zum Direktor des Geheimen Haus-, Hof- und Staatsarchivs ernannt wurde. Erzherzog Johann betraute ihn mit den Vorbereitungen zum militärischen Aufstand gegen die bayerische Herrschaft in Tirol. Nach der Eroberung Innsbrucks durch Tiroler Schützen wurde Hormayr Intendant von Tirol und als Hofkommissär oberster Vertreter der österreichischen Regierung. Nach dem Waffenstillstand von Znaim (12. Juli 1809) wurde er von Tirol abgezogen, so dass Andreas Hofer als Oberkommandant der Tiroler Schützen nach dem Sieg über die Bayern beim dritten Gefecht am Bergisel am 13. August 1809 auch die Regierungsgeschäfte übernahm. 1811 unterstützte Hormayr das geheime Ansinnen Erzherzog Johanns, einen "Alpenbund" zu gründen, mit dem Ziel eines neuerlichen militärischen Aufstandes gegen Frankreich. Nachdem dieser Plan bekannt geworden war, ließ Fürst Metternich Hormayr verhaften. 1814 wieder rehabilitiert, wurde er zum Wiener Hof- und Reichshistoriographen ernannt. Nach 31 Jahren in den Diensten des österreichischen Herrscherhauses ging er 1828 zunächst nach Bayern, dann nach Bremen und übernahm schließlich 1846 die Leitung des Münchener Reichsarchivs. Hormayr verfasste zahlreiche historiografische Schriften, darunter bereits 1816 eine Biografie Andreas Hofers.

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