Figlio del futuro imperatore Leopoldo II, Carlo viene adottato da sua zia, l'arciduchessa Maria Cristina nel 1790. Tre anni dopo diventa governatore generale dei Paesi Bassi austriaci. Nel 1796 assume il comando dell'Armata austriaca del Reno che durante la guerra della prima coalizione mette a segno sotto la sua guida diverse vittorie sulle truppe francesi. La guerra della seconda coalizione lo vede nuovamente al comando dell'Armata in Germania. Nel 1801 è promosso feldmaresciallo, nel 1806 generalissimo. Nella battaglia di Aspern (21 maggio 1809) riesce a portare le armate alleate alla vittoria su Napoleone Bonaparte, ma subisce una sconfitta nella battaglia decisiva di Wagram. Abbandonato il comando militare, dopo il Congresso di Vienna diventa governatore di Milano, per trasferirsi in seguito a Teschen e poi a Vienna, dedicandosi occasionalmente alla stesura di testi militari.

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