Il concetto di secolarizzazione designa la soppressione di istituzioni ecclesiastiche a favore di istituzioni secolari. Essa rappresentò la principale istanza politica dei fautori della Rivoluzione francese. Dopo la pace di Lunéville (9 febbraio 1801), in Germania tutti i piccoli stati a destra del Reno furono secolarizzati e subordinati a strutture territoriali maggiori (Mediatisierung) per compensare la perdita dei territori ubicati sulla sinistra del Reno, che erano stati ceduti alla Francia. Il 2 ottobre 1801 la Dieta imperiale istituì una deputazione imperiale straordinaria per elaborare un piano di indennizzo; le modifiche strutturali riguardanti i territori, il diritto costituzionale e quello ecclesiastico sfociarono nel "Recessum Imperii" (Reichsdeputationshauptschluss) ratificato il 24 marzo 1803. Fra altre misure proposte, furono secolarizzati il principato arcivescovile di Salisburgo e i principati vescovili di Trento e Bressanone. La nascita della "Confederazione del Reno", cui aderirono sedici Stati tedeschi con il preciso impegno di fornire aiuti militari a Napoleone, sancì di fatto la dissoluzione dell'Impero e indusse Francesco II a deporre la corona imperiale romano-germanica e a proclamare la fine del Sacro Romano Impero.

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