Due giorni dopo la terza vittoria conseguita sul Bergisel il 13 agosto 1809, Andreas Hofer entrò a Innsbruck e si acquartierò nella Hofburg. Poiché dopo l'armistizio di Znaim (12 luglio 1809) le truppe austriache erano state dislocate dal Tirolo, Hofer assunse le redini del governo. Il governo dei contadini da lui capeggiato prese una piega antiliberale, radical-conservatrice. Hofer fece arrestare alcuni docenti universitari perché avevano contribuito a diffondere il pensiero illuministico e vietò mediante ordinanze sulla moralità l'esibizione di abiti femminili troppo scollacciati. A Hall fece coniare delle monete passate alla storia come "Hofer-Zwanziger". Il 4 ottobre Hofer ricevette dall'imperatore Francesco una catena d'oro e una somma di danaro. Grazie a ulteriori somme di danaro preso in prestito da ditte commerciali di Innsbruck e da privati riuscì a consolidare i confini con postazioni militari. L'esperienza governativa di Hofer si concluse il 21 ottobre 1809, con l'avvicinarsi a Innsbruck di divisioni bavaresi, poiché con il trattato di pace di Schönbrunn (14 ottobre) i distretti settentrionali del Tirolo erano stati nuovamente assegnati alla Baviera.

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