Figlio del granduca Leopoldo di Toscana, futuro imperatore Leopoldo II, e di Maria Ludovica di Borbone Spagna. Nel 1805 il fratello arciduca Carlo lo nomina direttore generale delle Fortificazioni e del Genio militare. In tale veste si reca in Tirolo dove riconosce l'importanza del ruolo svolto dalla milizia territoriale e organizza l'armamento del popolo. Dopo la pace di Presburgo (2 dicembre 1805) Giovanni deve cedere il Paese alla Baviera. Insieme al fratello Francesco fa piani segreti per la riconquista del Tirolo. Dopo lo scoppio della guerra nell'aprile 1809 diventa comandante in capo delle truppe austriache nel Nord Italia. La pace di Schönbrunn comporta la rinnovata perdita del Tirolo. Dopo che il fratello, l'imperatore Francesco, viene a conoscenza dei suoi piani segreti di fondare una "Lega alpina" e di tentare una nuova rivolta armata, Giovanni è seriamente compromesso, ma rimane tuttavia a capo del Genio militare. Gli viene però vietato di mettere piede in Tirolo. Nel 1833, quando il divieto viene a cadere, acquisisce il castello di Scena. Nel 1848 per un breve lasso di tempo è nominato vicario dell'impero dall'Assemblea nazionale tedesca, riunita a Francoforte. Muore a Graz nel 1859. Nel 1869 la salma viene traslata nel mausoleo appositamente innalzato nei pressi del castello di Scena, vicino Merano.

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