Mercante di vino, cereali e cavalli, Hofer gestisce insieme alla moglie Anna il maso e l'annessa locanda Sandwirthof a San Leonardo in Passiria. Nel 1796 e negli anni seguenti combatte come comandante degli Schützen contro i francesi che irrompono nel Paese da sud. Membro di una delegazione tirolese, si reca a Vienna all'inizio del 1809 per preparare clandestinamente l'insurrezione armata contro il dominio bavarese. Dopo la dichiarazione di guerra dell'Austria alla Baviera del 9 aprile 1809, si pone al comando degli Schützen e riesce a mettere in fuga le truppe di occupazione bavaresi di stanza a Vipiteno. Hofer diventa comandante supremo degli Schützen tirolesi. Per tre volte esce vincitore dalle battaglie del Bergisel. Da metà agosto a fine ottobre del 1809 è a capo del governo provvisorio con sede nella Hofburg di Innsbruck. Con la pace di Schönbrunn il Tirolo torna alla Baviera. Incitato da alcuni connazionali a proseguire la lotta, il 1° novembre Hofer subisce una sconfitta sul Bergisel. Ricercato dai franco-bavaresi, si ritira sulla Malga Pflander, in val Passiria, dove alla fine di gennaio del 1810, tradito da uno dei suoi, viene rintracciato e arrestato. Il 20 febbraio viene fucilato a Mantova su ordine di Napoleone Bonaparte.
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