All'età di venti anni Baraguay d'Hilliers ottiene i gradi di tenente, nel 1793 combatte col grado di generale di brigata nel Palatinato e alle porte di Magonza. Successivamente prende parte alle campagne d'Italia, durante le quali, nel 1796 e nel 1797, avanza rispettivamente fino al Tirolo e al principato vescovile di Trento. Dopo la pace di Schönbrunn, nell'ottobre 1809, è incaricato dell'attuazione delle riforme amministrative nel Paese non ancora pacificato. Baraguay, che ha sposato una tedesca, si dimostra un avversario leale nei confronti dei tirolesi: intorno alla metà di dicembre del 1809 rinuncia, per esempio, a far avanzare le truppe francesi in val Venosta, dopo che il sacerdote di Silandro, Josef Danay, ebbe reso una dichiarazione di sottomissione. Rimette ben presto in libertà la moglie e il figlio di Andreas Hofer, arrestati alla fine di gennaio del 1810, fa personalmente visita a Hofer, richiuso nella prigione di Bolzano. Nel 1810 Baraguay è inviato da Napoleone Bonaparte in Catalogna, e in seguito mandato a combattere nella campagna di Russia. Muore nel 1812 a Berlino, dove ricopre la carica di governatore.

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